Akihabara est un quartier de Tokyo où l'on trouve une multitude de mangas, d'animes, d'electronique, de jeux vidéo, de figurines, etc. C'est un lieu où ce retrouvent les fanatiques de tels choses, fanatiques communément appelés otakus. Page, Box, Akira, Taiko, Daruma, ainsi qu' Izumu sont 6 Otakus, avec chacun leurs propres problèmes, et qui recherchent de l'aide au travers d'un site web nommé " Yui's Lifeguard". Quand yui, la propriétaire du site, meurt mystérieusement, ils décident de former "Akihabara@DEEP", un groupe qui fait voeux de protéger Akihabara et de résoudre les problèmes de ses habitants.