Malgré la défaite de Quinella, le pontifex de l'Église Axiom, les choses ne semblent pas encore se calmer. En contactant le monde réel, Kazuto "Kirito" Kirigaya découvre que la tortue de l'océan - un méga-flotteur contrôlé par Rath - a été attaquée. En raison d'un court-circuit soudain causé par les raiders, la lumière fluctuante de Kirito est endommagée, le laissant dans le coma. Ne se sentant pas en sécurité par rapport aux gens de l'église Axiom, Alice ramène Kirito inconscient dans leur ville natale - Rulid Village, sans tenir compte de son bannissement en raison d'un crime non résolu. Maintenant, Alice mène une vie ordinaire et paisible à proximité du village, souhaitant que Kirito se réveille. Cependant, la tragédie frappe quand Alice remarque que le territoire sombre a déjà commencé à envahir l'Empire humain. Reprenant son ancien alias, Alice Synthesis Thirty, elle promet de vaincre le Territoire des Ténèbres afin de défendre le monde que Kirito et Eugeo ont travaillé si dur pour protéger.