Un nouveau jour dans la région de Kanto, Satoshi est invité par le professeur Yukinari Ookido à la cérémonie d'ouverture du laboratoire du professeur Sakuragi à Vermillion City. Au cours du discours de cérémonie, le professeur Sakuragi reçoit une alerte d'un Pokémon probablement rare apparaissant dans le port de Vermillion City, ce qui conduit Satoshi et les autres entraîneurs à se précipiter dans la région dans l'espoir de trouver le mystérieux Pokémon. Au port, ils trouvent Lugia, un Pokémon légendaire, engagé dans un combat avec d'autres entraîneurs. Remarquant les tactiques des autres entraîneurs, Satoshi demande à son partenaire, Pikachu, de frapper Lugia avec une attaque Thunderbolt. Imperturbable, Lugia s'enfuit, mais pas avant que Satoshi ne saute résolument sur le dos. À la surprise de Satoshi, il rencontre un autre garçon, Gou, qui sauta également sur le dos de Lugia. Les deux chevauchent le dos de Lugia alors que cela les emmène dans une aventure bizarre à travers les mers. Alors qu'il laisse les deux revenir sur le terrain, Satoshi et Gou font leurs adieux à Lugia et retournent à l'Institut Sakuragi. Impressionné par les découvertes de Gou et les idées de Satoshi prises au cours de leur rencontre, Sakuragi demande que le duo soit ses nouveaux partenaires de recherche. Et ainsi le voyage du duo commence, voyageant à travers plusieurs régions pour rencontrer de nombreux nouveaux Pokémon, y compris ceux qui ont la capacité de Gigantamax!