Les Hundred sont les seules armes qui peuvent éliminer les "Savages", une mystérieuse forme de vie. Cette espèce inconnue est apparue sur notre planète bleue pour détruire l'humanité. L'histoire suit Kirasagi Hayato, une personne désirant devenir maître d'arts martiaux en utilisant un Hundred. Pour réaliser son souhait, il intègre une université spécialisée dans les Hundred, nommée Little Garden. Dès son arrivé, Hayato se fait rapidement remarquer car son Hundred possède une puissance colossale. Juste après la cérémonie d'entrée, il reçoit une demande de duel par l'une des plus puissantes de l’établissement nommée Claire Harvey. Pour ne pas arranger les choses, il apprend que son camarade chambre Emile Crossford est en vérité une femme !